Fritjof Nansens belønning for fremragende forskning ble utdelt første gang i 1903 i Den historisk-filosofiske klasse. De første prisvinnerne var professorene Hjalmar S. Falk og Alf Torp som fikk prisen for sine videnskabelige arbeider.
Foto: Ludvig Forbech, Universitetshistorisk fotobase
I Den matematisk-naturvitenskaplige klasse ble den for første gang utdelt i 1907 til Roald Amundsen "for hans utmerkede undersøkelser av de magnetiske forhold omkring den magnetiske Nordpol og for hans gjennemførelse av Nordvestpassagen."
Året etter fikk professorene Kristian Birkeland og Vilhelm Bjerknes prisen "for fremragende videnskabelige undersøkelser paa fysikkens omraade".
Fritjof Nansens belønning for yngre forskere het opprinnelig A/S Norsk Varekrigsforsikrings Fonds prisbelønning for yngre vitenskapsmenn og ble utdelt første gang i 1963. Prisen skiftet til det nåværende navnet i 2002.